换一批基于GPU的生物大分子计算平台的构建与优化
Construction and Optimization of GPU-Based Computing Platform for Biological Macromolecules
摘要通过生物大分子计算平台对分子动力学的模拟运算,计算值可以描述分子的运动轨迹,从而揭示原子间的内在关系,但这一过程较为复杂且昂贵.作者研究了较低投入下大分子计算平台的构建与优化,在并行GPU条件和CUDA体系下使用AMBER软件包完成分子动力学的模拟运算.通过对两个大分子体系的运算,实验结果表明计算平台达到了60倍的计算加速,实现了较高的加速性能,完成了高性价比的高性能计算平台的建设.
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关键词
生物大分子分子动力学计算加速图形处理单元biological macromoleculesmolecular dynamics (MD)accelerated computinggraphic processing unit (GPU)
分类号
TP302.7
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1673-1689.2017.10.016
发布时间
2017-12-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
江苏省自然科学基金（BK20151126）
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