换一批多个GEO芯片联合分析筛选鼻咽癌易感基因
Differential analysis of gene expression profiles of nasopharyngeal carcinoma based on a combined analysis of multiple GEO chip databases
摘要目的:筛选鼻咽癌的关键基因,探讨鼻咽癌发病机制.方法:从公共基因芯片数据库(GEO)搜索有关鼻咽癌表达的数据,联合R语言分析鼻咽癌组织与正常鼻咽组织差异表达的基因;利用基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路数据库对差异表达的基因进行富集和功能注释.基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,分析其关键基因簇及网络节点.结果:共纳入3套鼻咽癌基因芯片数据,选出在≥3个数据集中有交集的差异表达基因116个,其中上调基因69个,下调基因47个.差异表达基因GO富集分析发现细胞分裂异常、蛋白结合改变,纺锤体装配异常、细胞外泌体功能改变与鼻咽癌发生发展相关;鼻咽癌组织细胞内部分信号通路发生显著改变,包括DNA修复、细胞外基质受体相互作用、细胞周期、小细胞肺癌、人T细胞白血病病毒1感染等.蛋白质相互作用网络提示存在3个重要的基因簇及4个关键基因.结论:利用生物信息学方法能有效筛选目标基因和信号通路,为鼻咽癌的治疗提供新的策略.
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分类号
R766.3（咽科学、咽疾病）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.2095-9400.2020.01.001
发布时间
2020-01-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（81500804）
浙江省医药卫生科技计划（2019RC311）
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