换一批鸡源大肠杆菌CRISPR特征及其与耐药性的关系
Relationship of CRISPR in Escherichia coli isolates from chickens with drug resistance and its characteristics
摘要[目的]研究鸡源大肠杆菌成簇间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)与耐药性的关系,并对CRISPR进行生物信息学分析,为进一步研究CRISPR功能及其对细菌耐药的影响奠定基础.[方法]对从安徽省合肥地区养鸡场分离鉴定的130株鸡源大肠杆菌进行耐药性(16种抗菌药物)和CRISPR检测,分析CRISPR与鸡源大肠杆菌多重耐药的关系.挑选扩增出片段长度不同的12株大肠杆菌,对其CRISPR PCR产物进行测序,通过BLAST进行二级结构预测,用CRISPRTarget等对其重复序列和间隔序列进行生物信息学分析.[结果]130株鸡源大肠杆菌对16种抗菌药物的耐药率为2.3％～97.7％,118株大肠杆菌对3种及3种以上药物耐药;共有39株菌检测到CRISPR,阳性率为30％;CRISPR阳性菌株均为多重耐药菌株,其耐药率(100％)显著高于CRISPR阴性菌株(87％),CRISPR序列差异性与耐药性之间无直接相关性.CRISPR序列同源性较低的12株大肠杆菌均包含2条(11号菌除外)长度为29 bp的重复序列,这些序列可分为5类,其RNA二级结构都能形成回文结构,但茎环大小有差异.从这12株大肠杆菌中共发现间隔序列168条,其中77条为新发现序列;同源性比对发现,在112条有比对结果的间隔序列中,72.3％来源于质粒,25.0％来源于噬菌体,2.7％来源于细菌和病毒.[结论]携带CRISPR的鸡源大肠杆菌广泛存在,CRISPR可能与大肠杆菌耐药表型相关,明确了CRISPR的结构特征.
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DOI
10.13207/j.cnki.jnwafu.2018.05.005
发布时间
2018-06-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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