换一批大豆BBX基因家族的鉴定及表达
Genome-wide identification and expression patterns of BBX gene family members in Glycine max
摘要[目的]对大豆(Glycine max)全基因组BBX(B-box)蛋白基因进行鉴定和生物信息学分析,探究其对非生物逆境胁迫的响应模式,为大豆BBX基因的应用提供参考.[方法]利用生物信息学方法鉴定大豆BBX基因家族成员,分析其保守结构域、系统进化树、基因复制关系、顺式作用元件、组织特异性表达和非生物逆境胁迫(干旱和100 mmol/LNaCl胁迫,均处理0,1,6,12 h)响应模式.[结果]大豆BBX基因家族(GmBBXs)有42个成员,分布在除2和16号染色体外的18条染色体上.保守结构域分析表明,GmBBXs在N端有一个或两个B-box结构域(B-box1和B-box2),B-box1较B-box2保守;部分成员在C端存在一个CCT结构域.系统发育分析表明,GmBBXs家族成员分为5个亚家族,分别为B1+B2+CCT(Ⅰ型和Ⅱ型)、B1+CCT(Ⅲ型)、B1+B2(Ⅳ型)和B1(Ⅴ型)类型,其成员数量分别为3,8,6,18和7.共线性分析发现,在GmBBXs基因的扩展中存在串联复制和片段复制事件,且片段复制事件比例较串联复制大.GmBBXs基因启动子上含有多种顺式作用元件,如光应答元件、逆境胁迫应答元件和激素响应元件等.GmBBXs基因表达分析结果显示,GmBBXs在大豆根、茎、叶、花、荚果和种子中的表达存在差异,不同GmBBXs响应干旱和盐胁迫的方式不同,获得的36个GmBBXs基因表达数据可分为6种表达模式.[结论]在大豆中共鉴定得到42个GmBBXs基因,分布于18条染色体上,其结构域较为保守;GmBBXs的表达具有组织特异性,参与干旱和盐胁迫响应.
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分类号
S565.1
栏目名称
DOI
10.13207/j.cnki.jnwafu.2022.06.005
发布时间
2022-06-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
山西省重点研发项目（201803D221020-1）
山西省应用基础研究计划青年科技研究基金项目（201901D211427）
山西省高校科技创新项目（2020L0494）
山西省高校科技创新项目（2020L0496）
山西省农科院育种工程项目（17yzgc069-1）
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