换一批基于网络药理学和单细胞转录组探究灵芝蜂胶胶囊抗肝细胞癌的潜在机制
Potential mechanism of Ganoderma Lucidum Propolis Capsules against hepatocellular carcinoma based on network pharmacology and single cell transcriptome analysis
摘要目的 采用网络药理学和单细胞转录组分析方法研究灵芝蜂胶胶囊抗肝细胞癌的潜在机制.方法 利用TCMSP、本草组鉴(HERB)和SwissTargetPrediction数据平台,获得灵芝和蜂胶的活性成分及靶点.基于TCGA数据库获取肝癌RNA-seq数据,运用R软件包DESeq2进行差异分析,将差异基因与药物靶点的交集基因作为灵芝蜂胶胶囊抗肝细胞癌的潜在靶点基因.采用R软件包clusterProfilter进行GO和KEGG富集分析.利用Cox和KM方法对交集靶点进行筛选,再使用GEO数据库中的GSE14520进行生存分析再次筛选得到核心基因.利用分子对接进行核心靶点基因和对应成分的模拟结合.采用GSE149614数据对核心基因进行单细胞分析,并对关键基因在多种癌症中的生存预后进行分析.采用qPCR验证灵芝蜂胶对HepG2和Huh7细胞的干预作用.结果 基于网络药理学成功鉴定出肝细胞癌差异基因 706个,灵芝蜂胶潜在作用靶点 603个,二者交集靶点 29个.富集分析结果主要涉及神经活性配体-受体相互作用和细胞周期等.满足生存分析筛选的关键靶点为AURKB、CCNA2、CCNB1、CCR3、CDK1、PLK1、TOP2A和TTK.分子对接结果表明这些关键基因与对应成分均具有良好的结合能力.qPCR结果显示灵芝蜂胶可显著抑制HepG2和Huh7细胞中AURKB基因的表达.结论 灵芝蜂胶可能通过过氧麦角甾醇等成分作用于AURKB等基因参与细胞周期等过程发挥抗肝细胞癌的作用,为进一步研究提供思路和参考.
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关键词
灵芝蜂胶胶囊肝细胞癌网络药理学单细胞转录组分子对接Ganoderma Lucidum Propolis Capsuleshepatocellular carcinomanetwork pharmacologysingle-cell transcriptomemolecular docking
分类号
R96（药理学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1004-2407.2024.06.004
发布时间
2024-12-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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