换一批农作物钾离子通道基因的生物信息学分析
Identification and Phylogenetic Analysis of Potassium Channel Transporters in Crops
摘要以AtAKT1所编码的氨基酸序列为检索序列,通过对GenBank NR数据库以及EMBL、DDBJ、PDB数据库进行检索,发现水稻、小麦、大麦、玉米、烟草等作物中具有cds全长的34个疑似K~+通道基因.其中:水稻7个,玉米6个,烟草4个,马铃薯、胡萝卜、大麦各3个,葡萄、番茄各2个,蚕豆、小麦、油菜、甜瓜等各1个;有25个基因经过功能验证确定为K~+通道基因.利用比较基因组学,将剩余的9个基因确定为K~+通道基因.对34个K~+基因进化关系的分析表明,与AtAKT1的同源性较高的K~+通道基因为马铃薯的SKT1(相似性71%)、番茄的LKT1(相似性71%)、胡萝卜的DKT1(相似性69%)、烟草的NKT1(相似性62%).
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分类号
Q811.4（生物工程学仿生学）
栏目名称
DOI
10.3321/j.issn:1000-4025.2009.12.004
发布时间
2010-03-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家植物生理生化重点实验室开放课题（(PPB08008)）
四川省教育厅青年基金（(07ZA073)）
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