柑桔BES-SSR标记开发及连锁图延伸和加密

Development of SSR Markers from Citrus BAC End Sequences and Their Integration into Linkage Map

二维码有效期 120s

摘要为了系统性地开发和拓展柑桔SSR标记,通过对公布的柑桔BAC文库末端序列(BAC-End sequence,BES)进行SSR分析,选择1500个SSR位点设计合成并检测323对引物.结果表明:(1)从总长度为28.1 Mb的46 339条序列中共检测出22403个SSR位点,约每2条序列就会出现一个SSR位点,发生频率为48％,相当于平均1.25 kb的序列中就会出现1个SSR,频率约为柑桔EST的2倍,且不同核心重复序列的SSR发生特点与EST也不同.(2)所合成的323对引物中,有效扩增316对,扩增率约98％,173对表现多态性,总多态性比率约55％,多态性引物中单核苷酸重复类型15对,双核苷酸重复类型100对,三核苷酸及以上量复类型58对,表明柑桔BES中具有较为丰富的多态性SSR标记.(3)结合已发表的遗传作图数据,对总计349个多态性位点进行遗传连锁分析,获得的新遗传连锁图谱共含有9个连锁群、334个SSR标记、总长844.2 cM、平均图距2.53 cM,延长和加密了先前的图谱.该研究开发的新SSR标记为开展柑桔遗传鉴定分析和遗传图谱构建提供了新的标记来源,加密的遗传图谱为柑桔的基因定位、图位克隆和标记辅助育种等奠定了基础,SSR分析结果也为其他物种SSR标记的开发提供了参考.