基于转录组测序的葛根SSR标记研究与利用

Utilization of Simple Sequence Repeat (SSR) Markers Developed from a de novo Transcriptome Assembly in Pueraria thomsonii Benth.

二维码有效期 120s

摘要该研究以‘桂粉葛1号’为材料,通过转录组测序的方法测得8.9 Gb clean reads,组装成137 629个转录本,最终得到83 811个Unigene序列.进化树分析表明,葛根和苜蓿、花生聚为一支.用MISA软件在83 811个序列中检测到25 452个简单重复序列(SSR)位点,三核苷酸重复的SSR数量最多,其次是二核苷酸重复.三核苷酸重复中,(AAG).是最普遍的重复单元(27.87％).共设计了229对SSR引物,其中28对引物可以产生清晰的条带和丰富的多态性,被用于检测44份葛根资源的遗传多样性.在44个葛根资源的基因组DNA中共扩增出90个片段,其中89个条带有多态性,平均等位基因数为3.178 6.多态性信息量范围为0.0830～0.774 2(平均数为0.4557).聚类分析显示遗传相似性系数范围为0.266 7～1.000 0.这些结果提示所检测的葛根资源在DNA分子水平存在着丰富的遗传多样性.当阈值为0.58时,44个资源可以划分为2个类群,且44份资源的类群划分与地理来源之间没有直接关系,但这些标记将是葛根遗传多样性研究可用的基因组资源.

作者肖亮 ^[1] 尚小红 ^[1] 曹升 ^[1] 谢向誉 ^[1] 曾文丹 ^[1] 严华兵 ^[2] 学术成果认领

作者单位广西农业科学院经济作物研究所,南宁530007;广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁530007 ^[1] 广西农业科学院经济作物研究所,南宁,530007 ^[2]

关键词葛 SSR标记资源收集遗传多样性 Pueraria SSR markers germplasm collection genetic diversity

主题词竹芋科(Marantaceae)性(Sex)遗传(Heredity)研究(Research)转录组(Transcriptome)

分类号 Q346+.5 Q789

栏目名称 研究报告

DOI 10.7606/j.issn.1000-4025.2019.01.0059

发布时间 2019-04-10

基金项目

广西科技计划工程 广西科技重要工程 广西自然科学基金青年基金(2018GXNSFBA294001)The work was supported by the Guangxi Science and Technology Plan Project Guangxi Science and Technology Major Project Youth Fund of Guangxi Natural Science Foundation