换一批4种霸王属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析
Analysis of codon preference in chloroplast genomes of four Zygophyllum species
摘要[目的]分析4种霸王属植物叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,为深入理解霸王属植物的密码子优化、偏好机制研究及遗传进化关系提供科学依据.[方法]用CodonW、EMBOSS等对叶绿体基因组筛选出的40条基因编码序列密码子进行ENC-plot、中性绘图、最优密码子等分析.[结果]4种霸王属植物叶绿体基因组密码子的GC含量依次为GC1＞GC2＞GC3,ENC平均值都大于35,CAI均为0.17,其基因表达水平较低,且密码子使用偏好性较弱;中性绘图分析、ENC-plot及PR2-plot分析认为4个物种叶绿体基因组密码子的偏好性主要受自然选择作用的影响;最优密码子分析表明豆型霸王、长梗霸王、霸王和喀什霸王最优密码子分别有19,13,14,14个,其中4个为共有密码子且以A/U收尾.[结论]4种霸王属植物的密码子碱基多以A/U结尾,偏好性较弱且主要影响因素为自然选择,鉴定出CGA、GAA、UAU、UUA这4个共有最优密码子.
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栏目名称
DOI
10.7606/j.issn.1000-4025.20240273
发布时间
2024-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（31660048）
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