换一批基于肿瘤相关巨噬细胞的子宫内膜癌预后模型建立和验证
Integration of scRNA-Seq and TCGA RNA-Seq analyses to establish a novel risk prog-nostic model based on genes related to tumor-associated macrophages in endometrial carcinoma
摘要目的:利用生物信息学方法研究探讨肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)相关基因在子宫内膜癌(EC)的发生发展,发现新的EC肿瘤生物标志物,构建新的EC风险模型.方法:从公共数据库中获得EC患者的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集.在EC肿瘤和健康组织,检测组织和巨噬细胞中的差异表达基因(DEGs).采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定巨噬细胞相关的关键基因,通过多种算法筛选交叉基因,确定为新的EC生物标志物.根据这些生物标志物计算风险评分,从而将EC分为高风险组和低风险组.在单变量和多变量Cox分析中评估了风险评分和临床特征,为构建列线图提供了独立的预后因素.结果:发现805 个巨噬细胞DEGs、5691 个额外DEGs、733 个关键基因和43 个常见基因.筛选出FBP1、LTB、PTGER4、PARVG、CCR7 和HLA-DMB共 6 个生物标志物,构建了EC风险模型.确定了风险评分、年龄和肿瘤分期,生成了UCEC 直方图.结论:确定了六个与TAM相关的预后生物标志物,并构建了一个风险模型,可为子宫内膜癌的治疗和研究提供依据.
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关键词
子宫内膜癌(EC)肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)预后模型单细胞测序(scRNA-seq)加权基因共表达网络分析(WGCNA)Endometrial Carcinoma(EC)Tumor-associated macrophages(TAMs)Prognostic modelSingle-cell sequencing(scRNA-seq)Weighted Gene Co-expression Network Analysis(WGCNA)
分类号
R737.33（泌尿生殖器肿瘤）
栏目名称
DOI
10.13283/j.cnki.xdfckjz.2023.12.004
发布时间
2024-01-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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