换一批全基因组文库筛选鉴定PARP抑制剂敏感性基因的整合分析
Integrated analysis of whole-genome library screening to identify genes associated with PARP inhibitor sensitivity
摘要目的:采用CRISPR-Cas9 文库筛选技术整合已发表的数据,开发标准化与整合方法,以揭示全基因组范围内与PARPi敏感性相关的基因,并构建基于转录组的预测模型.方法:纳入基于人源肿瘤细胞模型的CRISPR-Cas9 全基因组敲除文库筛选数据,重分析后获得了标准化的Z值.采用随机效应模型合并标准Z值,在整合Z值的基础上构建了PARPi敏感性评分(PSS),利用泛癌肿瘤细胞系的转录组数据计算PSS与肿瘤代谢评分,并使用同源重组修复缺陷(HRD)评分评估肿瘤细胞系的基因组稳定性.结果:共纳入了9 项研究的21 个文库筛选数据.相关性分析显示,不同数据集之间的一致性相对较低.通过整合分析发现,PARP1、E2F7、TP53BP1 等基因与PARPi敏感性呈正相关,而PSMC3IP、ATM、RAD51B等基因则与PARPi耐药相关.在PARPi抵抗细胞株中验证了整合Z值与PARPi敏感性的关系.全基因组整合Z值的富集分析表明PARPi敏感性基因排序与同源重组修复功能显著负相关.基于显著基因的整合Z值,构建了PSS,PSS能有效预测同源重组修复的活性和肿瘤基因组的稳定性;在肿瘤细胞系与临床样本中,PSS与HRD显著正相关.结论:通过整合分析全基因组文库筛选数据,本研究鉴定了与PARPi敏感性相关的基因,为未来的个性化医疗和药物开发提供了潜在的生物标志物.基于此数据构建的PSS预测模型具有和HRD评分相似的临床意义.
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关键词
PARP抑制剂肿瘤细胞系文库筛选同源重组修复预测模型PARP inhibitorsTumor cell linesLibrary screeningHomologous recom-bination repairPredictive model
栏目名称
DOI
10.13283/j.cnki.xdfckjz.2025.09.030
发布时间
2025-09-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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