转录组学分析绝经后骨质疏松症中医证候差异基因表达及功能
Transcriptomic analysis of expression and function of differential genes in traditional Chinese medicine syndromes of postmenopausal osteoporosis
摘要背景:绝经后骨质疏松症肾阴阳两虚证因其兼具阴阳失衡的复杂特征,在临床诊疗中具有特殊意义,而对其差异基因的分析是揭示分子机制的关键.目的:通过比较绝经后骨质疏松症不同肾虚证候的差异基因表达谱,筛选肾阴阳两虚证关联差异基因及信号通路,揭示其分子生物学特征,为中医证候客观化提供依据.方法:纳入18例绝经后骨质疏松症肾虚证患者(肾阳虚、肾阴虚、肾阴阳两虚证各6例),另外选择6例健康绝经后女性作为健康对照组.运用转录组测序筛选差异基因,进行基因本体论与京都基因与基因组百科全书富集分析,并通过qRT-PCR对4个目标基因(HSP90AB4P、CTU1、ST6GALNAC2、PTGS2)的表达水平进行验证.结果与结论:①肾阴阳两虚证组与健康对照组、肾阴虚证组、肾阳虚证组分别筛选出235,247,4 557个差异表达基因,3个比较组交集分析后筛选出肾阴阳两虚证组关联差异基因22个(18个上调、4个下调);②qRT-PCR验证显示目标基因的上下调趋势与转录组测序结果一致;③基因本体论分析结果显示,生物学过程聚焦能量代谢(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸合成与代谢)和生理稳态(产热、血压调控),分子功能涉及免疫防御、代谢调控、炎症与信号传导、离子通道调节等;细胞组分与核糖体、内质网、细胞核及转运RNA修饰相关;④京都基因与基因组百科全书富集到60条通路,包括凋亡细胞清除、核因子KB、肿瘤坏死因子、白细胞介素17、血管内皮生长因子、叉头框蛋白O信号通路及代谢通路等;⑤提示肾阴阳两虚证绝经后骨质疏松症是多维度分子网络失衡的综合表现,与核糖体合成障碍、非编码RNA与信号转导及转录调控、免疫炎症调控及代谢转运相关.
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