基于生物信息学探讨IGFBP3基因在转移性前列腺癌患者中的作用
Exploring the role of IGFBP3 in metastatic prostate cancer:a bioinformatics approach
摘要目的 前列腺癌(PCa)的死亡率与转移密切相关,肿瘤转移标志物的发现和确定是突破转移性前列腺癌(mPCa)治疗的关键.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中获得转移相关基因集、全mRNA表达矩阵和PCa患者的临床信息.采用差异表达基因(DEGs)分析、最小绝对收缩和选择操作(LASSO)以及支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)2种算法选择显著转移标志物,并分析差异基因的临床相关性.在PC-3细胞中调控脂肪质量和肥胖相关蛋白(FTO),采用RT-qPCR检测IGFBP3的表达变化情况.以双荧光素酶报告实验检测FTO的表达对野生型或突变型IGFBP3的转录活性的影响.采用RNA稳定性法检测FTO过表达对IGFBP3 mRNA半衰期的影响.结果 基于TCGA数据库进行基因与无进展生存期相关性分析中发现的28个DEGs中,IGFBP3在受试者工作特征曲线下的面积最高,与PCa预后不良相关,且在原发性和mPCa组织中表达有显著性差异.在FTO过表达PC-3细胞系中,IGFBP3的 mRNA表达下调,且稳定性下降.结论 IGFBP3的高表达主要发生在 mPCa中,其表达升高可作为PCa患者肿瘤发生转移的潜在标志,在PCa诊断中具有一定的临床应用价值.
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