换一批转录组与蛋白组关联分析探讨草酸钙结石晶体对 HK-2细胞基因表达的影响
Proteotranscriptomic analyses of calcium oxalate monohydrate-stimulated HK-2 cells
摘要目的 探讨草酸钙结石晶体对人近曲肾小管上皮细胞 HK-2的影响.方法 建立草酸钙结石与 HK-2细胞相互作用的模型,进行转录组和蛋白组表达谱高通量定量研究.筛选差异表达基因,通过InterProScan进行GO富集分析,KEGG Mapper进行KEEG信号通路分析及蛋白质相互作用网络STRING分析.结果 转录组与蛋白组定量研究分别定量到57833个转录本和6407个蛋白.通过比较转录组与蛋白组的定量情况,发现有6144个基因在转录组和蛋白组水平都定量.蛋白水平464个分子显著下调,699个分子显著上调.转录组水平11个分子下调,14个分子上调.GO分析发现,线粒体衍生囊泡与腺嘌呤跨膜转运体活性、snRNA的细胞核输出以及中心粒周围异染色质组装具有最高的富集指数.KEEG富集分析显示缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解、初级胆汁酸生物合成、维生素B6代谢、硫中继系统以及糖胺聚糖生物合成和DNA 非同源末端链接为最显著的KEEG通路.蛋白互作网络发现MYH9、MYH14、MYH1、MYL12A、ACTB、ARPC1A、ARPC2、ANXA2、CFL1、PRDX1、PRXD2共11个关键调控因子.结论 转录组与蛋白组关联分析筛选所得关键通路及关键基因可能在肾结石形成过程中扮演重要角色.
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DOI
10.3969/j.issn.1009‐8291.2022.11.008
发布时间
2022-12-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
深圳市科技计划项目（No.JCYJ20210324131414039）
深圳市龙华区科技创新项目（No.LHKJCXJCYJ202002）
深圳市龙华区医疗卫生机构科研项目（No.2020003）
深圳市龙华区医疗卫生机构科研项目（No.2020013）
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