换一批通过生物信息学分析克罗恩病差异表达基因和miRNA
Bioinformatic analysis of differentially expressed genes and miRNAs in Crohn's disease
摘要目的 通过生物信息学分析寻找克罗恩病(Crohn's disease,CD)的差异表达基因及其对应的miRNA,筛选参与CD发展相关的潜在致病靶点,为寻找治疗新靶点提供参考依据.方法 从GE O数据库下载基因芯片,通过分析工具GE O2 R分别对数据集进行分组及分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并做线上Venn分析,进行PPI、GO、KEGG分析及miRNA预测.结果 基因本体分析结果显示,DEGs主要集中在炎症反应、中性粒细胞迁移、脂多糖应答、质外体、细胞外空间、细胞外基质、CXCR趋化因子受体结合、趋化因子活性、细胞外基质结构成分等方面,通路分析显示,DEGs基因显著富集在IL-17信号通路、类风湿性关节炎通路、阿米巴病、百日咳、肿瘤坏死因子信号通路等方面.通过Cytoscape筛选出10个hub基因CXCL1、IL1B、TIMP1、CXCL8、IL6、MMP1、SERPINE1、PTGS2、SPP1、MMP2.再利用NetworkAnalyst3.0在线数据库进行可视化分析,可推断hsa-mir-124-3p、hsa-mir-335-5p、hsa-mir-146a-5p、hsa-mir-204-5p、hsa-mir-143-3p等几种microRNA(miRNA)可能在CD的发生发展中起到关键性作用.结论 在CD发病机制研究中,DEGs与疾病的进展密切相关,可通过富集分析和hub基因筛选,以及相关miRNA的推断分析为更深入研究CD的致病机制和寻找新的治疗靶点提供理论依据.
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10.3969/j.issn.1672-2159.2022.12.010
发布时间
2023-04-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
海南省临床医学中心建设项目（2021818）
海南省院士团队创新中心建设项目（2022136）
海南省院士创新平台科研项目（00817378）
海南省卫生健康行业科研项目（22A200078）
海南省研究生创新科研课题（Qhyb2022-133）
海南医学院研究生创新科研课题（HYYB2022A18）
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