换一批
换一批2012-2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型和基因亚型分析
Genetic types and sub-types analysis of orthohantavirus in rodents in Jiangxi Province from 2012 to 2015
摘要目的 了解2012-2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型别和基因亚型.方法 选取江西省肾综合征出血热疫情发生地区捕鼠,收集鼠肺标本,采用直接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原,提取阳性鼠肺标本核酸,设计并采用特异性引物分别对病毒的S、M、L3个基因进行RT-PCR扩增,对扩增产物测序和分析.结果 共捕鼠2 235只,其中汉坦病毒阳性的86只,阳性率3.85％,流行的HV基因型为汉滩型(Hantaan orthohantavirus,HTNV)和汉城型(Seoul orthohantavirus,SEOV).江西省HTNV之间S、M、L3个基因核苷酸的同源性为93.4％～100％,与国内外HTNV参考株3个基因核苷酸的同源性为77.3％～ 88.0％,在3个基因系统进化树上均呈独立分支;M基因系统进化分析发现江西省SEOV分布在S3、S4亚型分支以及1个独立的进化分支,该独立分支的9株SEOV与国内外SEOV M基因核苷酸同源性仅为84.3％～88.7％.结论 江西省啮齿动物流行的HV为HTNV和SEOV 2种基因型别,其中HTNV为新的基因亚型,SEOV存在3个基因亚型:S3、S4和1个新的基因亚型.
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