换一批贵州省结核分枝杆菌VNTR基因座筛选优化及其在MLVA分型中的应用
Optimization of VNTR loci screening and its application in MLVA typing of mycobacterium tuberculosis in Guizhou province
摘要目的 应用基于24个VNTR位点的多基因座可变数量串联重复序列分析(MLVA)技术对贵州省结核分枝杆菌进行基因分型研究,筛选出适合贵州结核分枝杆菌菌株的VNTR分型基因座,建立分辨力高、操作简便的结核分枝杆菌MLVA分型模型,为贵州省结核病传染源的追踪溯源、传播及防控提供技术手段.方法 收集来自贵州省的124株结核分枝杆菌菌株,采用结核分枝杆菌国际通用的24个VNTR基因座进行PCR扩增,应用毛细管电泳法对扩增产物进行分析,统计各基因座的重复数,计算等位基因多态性及各基因座分辨指数,使用BIONUMERICS 8.0对受试菌株进行聚类分析,探索贵州省结核分枝杆菌的24-VNTR、15-VNTR、12-VNTR、8-VNTR分型特征.结果 24个VNTR基因座等位基因多态性及分辨指数显示:分辨力高的基因座基因有QUB-11b等7个基因座,分辨力中等的有MIRU-10等11个基因座,分辨力低的有MIRU-20等6个基因座;此外,聚类分析显示:24-VNTR分型能力最强,分辨力高达95.16％(118/124),接近单菌株鉴定水平,依次15-VNTR分辨力为91.13％(113/124)、12-VNTR分辨力为90.32％(112/124)、8-VNTR分辨力为83.06％(103/124).以上4种VNTR分型模型均能将124株结核分枝杆菌菌株分为4个种群.结论 本研究评估筛选出了以QUB-11b等6个高分辨力基因座为贵州省结核分枝杆菌菌株MLVA分型首选,其他基因座依据其分辨力排序作为补充的分型方法.其中24-VNTR、15-VNTR及12-VNTR具有较高分型能力,可为贵州省结核病分子溯源提供技术支持.
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分类号
R52（结核病）
栏目名称
DOI
10.20043/j.cnki.MPM.202409313
发布时间
2025-03-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
贵州省科技计划项目
贵州省微生物组与传染性疾病防控重点实验室项目（ZDSYS(2023)004）
贵州省卫生健康委科学技术基金项目（gzwkj2021-431）
贵州省卫生健康委科学技术基金项目（gzwkj2021-433）
贵州省卫生健康委科学技术基金项目（gzwjkj2017-1-086）
贵州省疾病预防控制中心科学(青年)技术基金项目（2020-E1-3）
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