换一批江苏省23例猴痘病例病毒基因组特征分析
Analysis of 23 monkeypox cases viral genome characteristics in Jiangsu Province,China
摘要目的 分析2023年6月至9月江苏省23例猴痘病例病毒全基因组序列并研究其分子进化特征.方法 收集猴痘病例口咽拭子、痘疱液、痘疱渗出物拭子等样本,以实时定量PCR进行病毒核酸检测,利用扩增子测序技术捕获猴痘样本中病毒全基因组,通过MiniSeq高通量测序仪进行二代测序,对序列进行病毒进化和变异分析.结果 23份样本的平均测序深度907.30×～11 578.58×,基因组覆盖度(测序深度≥10×)95.50％～99.94％.系统发育分析显示,病毒均属于MPXV Ⅱb C.1(2023)谱系,与来自同时期日本、韩国、葡萄牙和中国的序列同属一个分支,并分布于3个聚类簇中.单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)分析共发现60个SNPs,包含59处碱基替换和1处碱基缺失,其中非同义突变26个,分别影响宿主免疫调控、膜蛋白和病毒转录调控功能.26个非同义突变中有25个SNPs为载脂蛋白B mRNA编辑催化多肽样(APOBEC3-like)突变,且23份样本中的6个共享突变均为APOBEC3-like突变.样本23010与23011只有C177833T一个突变位点的区别,且C76450T和G80405A位点均只在这两个样本中出现.结论 江苏省2023年6月至9月23例猴痘病毒均为Ⅱb进化分支C.1(2023)谱系,病毒来源为多个源头输入,应持续开展猴痘病毒全基因组监测和研究,密切关注病毒来源和在本地传播后的变异进化方式.
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关键词
猴痘病毒高通量测序基因组特征单核苷酸多态性Monkeypox virusHigh-throughput sequencingGene characterizationSingle nucleotide polymorphism
分类号
R519（传染病）
栏目名称
DOI
10.19871/j.cnki.xfcrbzz.2024.04.003
发布时间
2024-10-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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