换一批生物信息学分析筛选静脉血栓栓塞症的关键基因和通路
Bioinformatics analysis for screening key genes and pathways of venous thromboembolism
摘要目的 通过采用集成的生物信息学工具探索新的静脉血栓栓塞症(VTE)生物标志物和潜在的治疗靶点.方法 利用基因表达综合数据库(GEO)获取VTE患者和非VTE患者的基因数据.应用R4.2.0软件中的limma程序包筛选差异表达基因(DEG),应用R4.2.0软件中的BioConductor和GOplot软件包进行功能和途径的分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件及其插件筛选关键的DEG,并使用R软件包"pROC"构建受试者操作特征(ROC)曲线对核心基因进行验证.结果 经过筛选,共获得1514个DEG.基因本体论(GO)分析表明DEG主要在线粒体、核糖体、线粒体核糖体、线粒体翻译延伸与终止、核糖体的结构成分等中富集.京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析结果表明,这些基因在核糖体、癌症相关通路、破骨细胞分化、皮质醇的合成和分泌等中富集.在这些DEG中经Cytohubba筛选得到10个核心基因靶点,并且均存在于分数大于10的2个模块中.然后经过ROC曲线验证保留7个具有较好诊断VTE价值的核心基因:线粒体核糖蛋白(MRP)L13、线粒体核糖体蛋白L58(MRPL58,又称ICT1)、MRPL14、MRPL2、MRPL30、MRPL9、MRPL12.结论 本研究确定了7个DEG可作为诊断VTE的潜在候选生物标志物,还需要进一步的实验确认与VTE相关的功能通路和关键基因.
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关键词
生物信息学静脉血栓栓塞症差异表达基因蛋白质-蛋白质相互作用富集分析bioinformaticsvenous thromboembolismdifferentially expressed geneprotein-protein interactionenrichment analysis
栏目名称
DOI
10.19418/j.cnki.issn2096-0646.2025.02.10
发布时间
2025-04-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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