换一批基于基因表达数据库的下肢深静脉血栓发病关键基因筛选研究
Screening of key genes in the pathogenesis of lower extremity deep vein thrombosis based on differentially expressed gene database
摘要目的 采用生物信息学方法筛选下肢深静脉血栓(DVT)相关的差异表达基因(DEG),探讨下肢DVT形成的病理机制.方法 从基因表达数据库(GEO)下载GSE48000数据集进行样本分析,样本来源为GSE48000数据集中的132个样本,包括DVT患者107例(高风险、中风险、低风险的DVT患者分别为40、33、34例)和健康对照人群25例.采用R/Bioconductor package limma筛选DEG,进行信号通路和生物学功能富集分析.分析关键基因与DVT风险程度的关系,并采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)分别检测DVT患者和健康人群血清细胞中FOS信使核糖核酸(mRNA)的表达情况及实验验证.结果 在GSE48000数据集中共筛选出18 662个DEG,其中,8926个DEG的表达上调,9736个DEG的表达下调;通过对GSE48000数据集高风险、中风险、低风险DVT患者FOS mRNA表达情况进行分析和实验验证,认为FOS基因表达水平与DVT发生风险有关;京都基因和基因组数据库(KEGG)通路和基因本体论(GO)功能富集分析中存在多条通路的富集,GO功能富集分析显示DEG的生物学功能主要涉及细胞凋亡、衰老、分化及炎症反应等,KEGG通路分析表明DVT在内分泌相关通路、细胞衰老等通路中存在上调富集.结论 通过生物信息学方法可以有效挖掘下肢DVT的DEG,敲低FOS基因表达水平与DVT发生风险显著相关,这一发现为DVT的病理机制提供了新的见解,为后续治疗提供了新的策略.
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关键词
基因表达综合数据库静脉血栓栓塞差异表达基因gene expression comprehensive databasevenous thromboembolismdifferentially expressed gene
栏目名称
DOI
10.19418/j.cnki.issn2096-0646.2025.04.04
发布时间
2025-05-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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