换一批基于高通量转录组测序的山羊睾丸和附睾头差异表达基因分析
Study on Differentially Expressed Genes between Caprine Testis and Epididymis Caput Based on Transcriptomes with High-throughput RNA-seq Technology
摘要为探明山羊睾丸和附睾差异表达基因,挖掘与精子成熟和贮存密切相关的功能基因.采用Illumina HiSeqTM 2000高通量转录组测序RNA-seq技术对3只成年种公羊睾丸和附睾头进行测序,将组装得到的Unigene 比对到Nr、GO和KEGG数据库中注释,并进行差异表达基因聚类分析.结果显示,睾丸和附睾头Unigene总数分别为57 727个和51 395个,GO功能分类注释到生物过程、分子功能和细胞组成数据库中的分别有25 201、25 456和27 318个,其中差异表达基因数分别为9 150、9 172和10 003个;注释到KEGG通路中所有基因数23 222个,其中差异表达基因数8 219个,差异基因显著富集的信号通路:mRNA监视通路和mTOR信号通路;睾丸和附睾头中差异表达的基因共有24 592个,其中上调基因有8 420个,下调基因有16 172个.在附睾头中上调幅度最大的前3位:gDEFB124、gDEFB109和gDEFB 108,下调幅度最大的前3位:GTSF1L、SRRM1和FNDC8.附睾头中表达量最高的前3位基因依次为Lcn5、gDEFB 124和GPx5.睾丸中表达的基因数量大于附睾头中数量;β防御素家族、Lipocalin家族和GPx5可能在附睾头精子成熟、贮存和受精中发挥重要作用.
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