换一批利用混合线性模型和BayesCPi进行QTL-MAS2011公共数据集的全基因组关联分析
Genome-wide Association Analyses of the 15th QTL-MAS Workshop Data Using Mixed Linear Model and BayesCPi Method
摘要本研究利用MTDFREML对QTL-MAS2011公共数据集的模拟性状进行方差组分估计,遗传力估计约为0.29.主成分分析显示,群体内不存在显著的群体分层现象,然后用2种模型进行全基因组关联分析研究.利用GAPIT程序包中的混合线性模型对QTL-MAS2011公共数据进行全基因组关联分析,共得到10个显著的单核苷酸(SNP)位点(P＜0.05),其中,4个显著的SNPs在1号染色体上,4个显著的SNPs在3号染色体上,2个显著的SNPs在5号染色体上.使用HAPLOVIEW软件对1～3号染色体上88个SNPs进行连锁不平衡(Linkage dise-quilibrium,LD)分析,确定2个QTLs(QTL1和QTL5)分别在1号和3号染色体上,2、4、5号染色体没有检测到QTL.利用BayesCPi模型进行全基因组关联分析研究,通过基因组窗口效应方差图谱确定1个QTL在1号染色体上,2个QTL在2号染色体上,1个QTL在3号染色体上.
更多相关知识
分类号
S813.3
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2014.05.003
发布时间
2016-09-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家肉牛牦牛产业技术体系项目（CARS-38）
肉牛多品种全基因组选择关键技术（31272428）
- 浏览2
- 被引1
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
