换一批不同尾型绵羊全基因组选择信号检测
Genome-wide Detection of Selection Signatures of Distinct Tail Types in Sheep Populations
摘要为研究不同尾型绵羊群体遗传分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘不同尾型绵羊重要性状相关的候选基因.本研究基于蒙古羊(短脂尾)和藏羊(瘦尾)群体的Illumina Ovine SNP 50K芯片分型数据,借助遗传分化系数FST法进行群体间选择信号检测,寻找选择信号区域内的重要基因,并对其中与脂肪代谢相关的基因PPARG、PDGFD在呼伦贝尔羊(大尾和小尾品系;肥尾)与藏羊(瘦尾)尾脂进行mRNA相对表达量研究.结果,(1)465个SNPs被选择,基因注释找到448个候选基因,筛选到50个与脂类代谢相关的基因,GO功能富集分析发现,主要富集在脂类生物合成过程、磷脂代谢、脂质结合等条目,此外发现4个基因(PPARG、RXRG、SLC27A2和ACSL6)富集到PPAR信号通路.(2)肥瘦尾之间,呼伦贝尔羊(大尾和小尾品系)PPARG和PDGFD基因表达量均显著高于藏羊(P＜0.01),而大小肥尾之间,呼伦贝尔羊大尾品系PPARG基因表达量显著高于小尾品系(P＜0.05),PDGFD基因表达量则无明显差异.通过FST法有效检测到受选择的基因,部分与绵羊重要性状相关,相对定量试验证明PPARG和PDGFD基因与尾部脂肪沉积密切相关,可以作为尾型选育的候选基因,为绵羊育种及改良提供重要参考.
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关键词
全基因组选择信号候选基因脂肪沉积群体分化指数(FST)whole genomeselection signaturescandidate genefat depositionpopulation differentiation index FST
分类号
S826.2
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2015.10.004
发布时间
2016-09-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
优质肉、毛羊新品种(系)选育与关键技术研究及示范项目（2011BAD28B05-2）
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