牛卵泡ODF1与ODF2转录组发育相关基因筛选及表达差异分析
Screening and Analyse Study of Genes Associated with Follicular Development in Bovine ODF1 and ODF2 Transcript
摘要旨在从牛发情周期第一卵泡波中最大卵泡ODF1 (The largest follicle at onset of deviation)和第二大卵泡ODF2(The second largest follicle at onset of deviation)转录组水平上筛选卵泡发育差异表达基因.采集牛发情周期第一卵泡波ODF1和ODF2,分别分离颗粒细胞并提取总RNA,构建RNA文库,通过Illumina平台对ODF1和ODF2测序;筛选出ODF1与ODF2两个转录本之间比值大于2的差异表达基因,并采用qRT-PCR对筛选出的基因在牛发情周期内第一卵泡波优势卵泡(Dominant follicles,DF)和从属卵泡(Subordinate follicles,SF)颗粒细胞中功能验证.共获得8个卵泡发育差异表达基因,其中7个基因筛选自ODF1/ODF2(BEX2、UBN1、SIK1、SPARCL1、LOC784256、LOC789231和LOC785462),1个筛选自ODF2/ODF1 (SAFB2);qRT-PCR结果表明,BEX2、UBN1、LOC784256和LOC789231在DF中mRNA表达量极显著高于SF(P<0.01),SAFB2在SF中mRNA表达量极显著高于DF(P<0.01),SIK1和SPARCL1在SF中mRNA表达量显著高于DF(P<0.05),虽然LOC785462在SF中mRNA表达量高于DF,但差异不显著(P>0.05).qRT-PCR检测BEX2、UBN1、LOC784256、LOC789231和SAFB2的结果与高通量测序中该基因在ODF1和ODF2的RPKM的差异趋势基本一致,而SIK1、SPARCL1和LOC785462不一致.
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