dsRNA和Aza-CdR转染猪肾细胞的全基因组差异甲基化区域分布特征的比较

Comparison of Genome-wide Differential Methylation Regions in dsRNA and Aza-CdR Transfected Porcine Kidney Cells

二维码有效期 120s

摘要本研究旨在通过比对PolyI∶C和Aza-CdR转染猪肾细胞后全基因组差异甲基化峰的分布特征,进而筛选Gene Ontology(GO)特有的差异甲基化基因,分析差异甲基化区域.首先,基于MeDIP-chip技术,采用猪385 K全基因组启动子和CpG岛甲基化芯片,分析3组试验材料(病毒模拟物Poly I:C转染的猪PK15细胞、甲基化酶抑制剂Aza-CdR转染的PK15细胞、无处理的mock细胞),通过Peak DM Value和Peak Score值获得试验组间显著性富集的差异甲基化峰;其次,对差异甲基化基因进行GO注释,筛选差异甲基化区域和差异甲基化基因.最终结合Bisulfite克隆测序和mRNA荧光定量表达试验验证差异甲基化区域DMR.试验初步揭示猪肾细胞全基因组DNA甲基化主要分布于5′调控区域.试验在组间比较后,特别是在P vs.C和A vs.C比较中发现DNA甲基化在基因组上的分布特征与CpG岛密度与距离TSS的位置有关,而在近启动子区域(0-+200 bp)DNA甲基化显著影响基因的表达.Poly I∶C对PK15作用使得TSS附近200 bp(-200-+500 bp)低甲基化启动子增多,说明Po-ly I∶C与Aza-CdR的作用相似,均具有潜在的去甲基化作用,特别是位于猪14号染色体上BNIP3L基因的10459946-10460615 bp区段共有669 bp Peak Length CG位点发生去甲基化.研究揭示,PolyI∶C和Aza-CdR并不是对猪所有基因具有去甲基化作用,主要针对特有基因的特有启动子,证明这些特有启动子的CpG岛对Poly I∶C和Aza-CdR具有特别的敏感性.