换一批皖岳黑猪基因组遗传变异分析及特征SNPs挖掘
Genome Structures Variant Analysis and Feature SNPs Screening of Wanyue Black Pig
摘要旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况,筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点.本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序,检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数;结合公共数据库信息,下载北京黑猪、杜洛克、大白猪、蓝塘猪、民猪、深县黑猪的SNPs信息,利用挑选最大分类能力方法,将7个品种133个个体的SNPs分成两个数据集,进行皖岳黑猪特征位点选择,并对筛选到的SNPs进行基因功能注释.全基因组重测序分析结果显示,皖岳黑猪群体共获得31 534 384个SNPs,43 673个SVs,3 258个CNVRs,并筛选出33个皖岳黑猪特异位点;对33个SNP位点所注释基因进行功能富集分析,发现它们与生长(SUSD4、NELL1、GPC6)、繁殖(KHDRBS2、CRISP1)、免疫(NECTIN1)、神经调节及环境适应性(GRIK4)相关;群体遗传结构分析结果显示,皖岳黑猪有效群体较小为4.2,个体间的遗传距离在0.157 4～0.287 3之间,平均为0.243 5±0.022 2;皖岳黑猪群体期望杂合度为0.320,观察杂合度为0.328,多态性标记比例为0.788,多态性较为丰富;皖岳黑猪基因组ROH总长度在14.6～178.0 Mb,平均ROH长度为(61±9.4)Mb,群体近交系数较低,为0.025±0.004.综上,皖岳黑猪基因组遗传变异位点丰富,证明了皖岳黑猪在选育过程中保留了较丰富的遗传多样性,个体间遗传距离较远.结果为皖岳黑猪的持续选育提供了科学参考.
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关键词
皖岳黑猪全基因组重测序基因组遗传变异特征SNPs遗传结构Wanyue black pigwhole-genome re-sequencinggenome genetic variationcharac-teristic SNP sitesgenetic structure
分类号
S828.2
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2023.07.012
发布时间
2023-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（31972531）
安徽省高校协同创新项目（GXXT-2021-055）
:安徽省地方猪新品种(系)培育
创新利用联合攻关项目（340000211260001000431）
国家重点研发计划（2021YFD1301200）
安徽省科技重大专项（202103a06020013）
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