换一批基于SNP芯片数据分析不同奶牛场基因组近交系数及筛选功能性基因
Genomic Inbreeding Coefficient Analysis and Functional Gene Screening in Different Dairy Farms Based on SNP Chip Data
摘要旨在利用基因组长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估河南省不同中国荷斯坦牛群体的全基因组近交水平,并通过ROH检测鉴定基因组ROH富集区域,筛选与奶牛经济性状相关的候选基因.本研究基于GGP Bovine 150K芯片对来自河南省7个牧场900头荷斯坦牛进行全基因组ROH检测,统计ROH在荷斯坦群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(FROH),并对高频ROH区域进行基因注释.结果表明,在全部900个体中共检测出55 908个ROH片段,平均长度4.23 Mb.7个牧场平均近交系数(FROH)的变化范围从0.082(H7)到0.123(H2),平均FROH为0.106.在ROH的高频区域内共鉴定到79个与奶牛经济性状相关的基因,如与牛体型、体高有关的基因AKAP3、C5H12orf4、FGF6,与胴体及繁殖性状相关的基因CAPN3,与妊娠维持和胎儿生长直接相关的基因CHST14,影响牛奶蛋白质组成的基因IL5RA,参与调节胎儿卵泡生成的基因FGF10.其中,在14号染色体上检测到一个高频率的ROH区域(22.78～23.38 Mb),超过80％的个体都在该区域内发生ROH片段,并在此区域鉴定到与生长和饲料转化率相关的基因TGS1、LYN、CHCHD7.基于ROH信息的奶牛近交评估可为奶牛场的选种选配提供指导,在高频ROH区域鉴定到的候选基因可作为奶牛分子育种中进行标记辅助选择的基因.
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关键词
长纯合片段(ROH)基因组近交系数候选基因中国荷斯坦牛runs of homozygosity(ROH)genomic inbreeding coefficientcandidate geneChi-nese Holstein cattle
分类号
S823.91
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2023.07.017
发布时间
2023-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
现代农业产业技术体系（CARS36）
河南省现代农业(奶牛)产业技术体系建设专项（HARS-22-14-S）
河南省重点研发专项（221111111100）
222102110342:222102110254:河南省科技攻关项目
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