细粒棘球绦虫原头蚴、包囊壁和成虫circRNA差异表达分析
Differential Expression Profile of CircRNA in Protoscolex,Hydatid Cyst Wall and Adult of Echinococcus granulosus
摘要旨在解析 circRNA在细粒棘球绦虫原头蚴、包囊壁和成虫的表达谱特性,为进一步阐明 circRNA 分子在细粒棘球绦虫生长发育中的作用提供理论依据.采集细粒棘球绦虫的原头蚴、包囊壁和成虫,提取总 RNA,构建circRNA、miRNA以及 mRNA文库,采用全转录组测序方法进行测序分析.通过生物信息学分析和功能预测筛选出差异表达的 circRNA,并进行 GO、KEGG以及 ceRNA 调控网络分析,采用实时荧光定量 PCR(qRT-PCR)对其进行验证.结果在细粒棘球绦虫原头蚴、包囊壁和成虫共鉴定得到 636 个 circRNA 分子,其中差异表达的circRNA分子有 140 个,在原头蚴、包囊壁和成虫特异性表达的 circRNA分子分别为 44、2 和 0 个.GO 分析结果显示,成虫和原头蚴以及包囊壁相比,差异表达的 circRNA分子主要富集于生物学过程的有性生殖、精子发生、雄性配子产生、轴系发生以及神经生成、分化等.KEGG分析结果显示,原头蚴和成虫相比,差异表达的 circRNA 的显著富集于 Notch、三羧酸循环、磷脂酰肌醇、核黄素代谢通路以及脂肪酸合成和降解等信号通路.原头蚴和包囊壁相比,差异表达的 circRNA显著富集于背腹轴形成、Notch、wnt以及 FoxO 信号通路等.成虫和包囊壁相比,差异表达的 circRNA的显著富集于 Notch、碳代谢、三羧酸循环以及糖酵解/糖异生通路.靶向预测 circRNA-miR-NA-mRNA调控网络结果显示,有 24 个差异表达 circRNAs 与 14 个 miRNAs 和 54 个 mRNAs 形成 164 个 up-down-up的 circRNA-miRNA-mRNA调控网路,有 13 个差异表达的circRNAs与 7 个miRNAs以及 16 个mRNAs构成 36 个 down-up-down的 circRNA-miRNA-mRNA调控网络.对部分 circRNA 分子的 qRT-PCR 验证结果表明,其 mRNA转录水平与测序结果一致.综上所述,本研究首次系统解析了 circRNA 分子在细粒棘球绦虫原头蚴、包囊壁和成虫的差异表达谱特性,筛选了在原头蚴、包囊壁和成虫各阶段高表达及特异表达的 circRNA 分子,预测了差异表达 circRNA潜在的 circRNA-miRNA-mRNA 调控网络,为进一步研究 circRNA 分子在细粒棘球绦虫生长发育中的作用于调控机制奠定了基础.
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