换一批
换一批黄牛源产气荚膜梭菌分离株基因组的生物信息学分析
Bioinformatics Analysis of the Genome of Clostridium perfringens Isolated from Cattle
摘要本研究自猝死海南黄牛的组织器官中分离到2株A型产气荚膜梭菌,命名为ZWCP209和ZWCP210.基因组拼接结果显示其基因组大小处于3.4～3.5 Mb之间,tRNA和CDS数量稳定.多位点序列分析(MLST)显示,测序菌株属于同种新ST型.从NCBI数据库中获取27株牛源产气荚膜梭菌的基因组,与测序分离株共同进行生物信息学分析:共检测到13种耐药基因,其中四环素类耐药基因tetA(P)和tetB(P)的携带率最高(79.4％),值得关注的是,本研究中2株海南黄牛分离株均携带了 7种以上的耐药基因,其中包括非兽用抗生素唑烷酮的耐药基因optrA.泛基因组分析结果显示以上菌株的基因组中共含有7 345个基因,核心基因数量占比22.94％;在核心基因组和plc基因的系统进化分析中,两海南黄牛分离株处于同一分支,并具有相同的毒力因子,具有极高的同源性.本研究为国内首次对海南黄牛产气荚膜梭菌进行全基因组序列测定与生物信息学分析,对牛产气荚膜梭菌病的防治与基因组研究具有参考价值.
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关键词
海南黄牛产气荚膜梭菌分离鉴定全基因组测序生物信息学分析Hainan cattleClostridium perfringensisolation and identificationWhole genome sequencingbioinformatics analysis
分类号
S852.616.3
栏目名称
预防兽医
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2024.04.032
发布时间
2024-05-13
基金项目
三亚崖州湾科技城崖州湾菁英人才科技专项
三亚崖州湾科技城博士研究生科研创新基金项目
海南省重点研发项目
南京农业大学三亚研究院引导资金项目
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