产蛋间隔前期鸽卵泡转录组比较分析揭示卵泡发育相关基因

Comparative Analysis of Transcriptome of Pigeon Follicles at Early Stage of Laying Interval Reveals Genes Related to Follicular Development

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摘要旨在对产蛋间隔前期母鸽卵泡颗粒细胞(GC)层进行高通量测序,筛选出与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因.本研究选择了 80对12月龄产蛋规律、体重相近的白羽王鸽为研究对象,在产蛋间隔第1天(LI1)和第3天(LI3)分别选择3只母鸽,采集F1和SF1卵泡GC层,并利用RNA-seq进行转录组分析,筛选I41F1/L1SF1、L3F1/L3SF1、L1F1/L3F1和L1SF1/L3SF1组,4组间差异表达基因(DEGs),对DEGs进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库进行蛋白质互作(PPI)网络分析并使用Cytoscape软件进行可视化处理筛选关键基因,各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证转录组的可靠性.在4组比对中分别获得77、2 736、5 698和3 864个DEGs.GO分析显示,4组DEGs都主要富集的GO条目为细胞过程、细胞解剖实体和连接.KEGG通路富集分析显示,L1F1/L1SF1组和L3F1/L3SF1组DEGs均显著富集在类固醇激素生物合成和卵巢类固醇合成等信号通路,L1F1/L3F1组和L1SF1/L3SF1组DEGs均显著富集在糖胺聚糖降解、突触囊泡周期和氧化磷酸化等信号通路.进一步地,进行PPI网络分析并筛选与卵泡发育和选择密切相关的DEGs.各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证,表达趋势与测序结果一致.本研究利用RNA-seq技术筛选到与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因——EEF2、DDX5、PLK2、IGF2R、LHCGR、HSD3B1、CYP19A1和StAR,为进一步探究鸽卵泡发育和选择的分子调控机制提供了理论依据.