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基于重测序数据评估南阳牛保种效果

Evaluation of the Conservation Effect in Nanyang Cattle Based on Resequencing Data

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摘要旨在通过遗传多样性和群体结构分析,评估南阳牛的保种效果.本研究基于30头健康南阳牛的全基因组重测序数据,通过变异检测获得单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)信息,综合分析群体遗传多样性、群体结构、亲缘关系以及连续纯和片段(ROH)分布特征,对南阳牛保种群的保种效果进行全面评估.结果显示:1)共检测到高质量SNPs位点数目是25 929 389个;2)保种群遗传多样性丰富,核苷酸多样性为0.002 9,多态性标记比例为0.888 7,最小等位基因频率为0.186 1,期望杂合度为0.274 9,观测杂合度为0.255 7;3)世代有效群体含量在1 000代前为2 834头,在20代前为149头,呈逐年下降趋势;4)主成分分析结果显示南阳牛保种群没有明显分层;5)个体间的遗传距离介于0.80～0.89,平均遗传距离为0.83±0.02;6)30头南阳牛个体共分为7个家系,公牛可分为5个家系;7)共检测到ROH片段数目是4 992个,平均每头南阳牛的ROH片段长度为约74.41 Mb,总长度为2.18 Gb,基于ROH的平均近交系数为0.031,0.5 Mb以下的ROH片段占比最多为75.72％,2～4 Mb的ROH片段占比最少为0.16％.综上所述,南阳牛保种群体遗传多样性丰富,没有出现明显分层,近交水平较低,但仍有个别个体近交较高.因此,未来的保种工作应加强选种和选配管理,以促进群体的可持续发展.