换一批狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析
The Study on Population Genetic Diversity and Genome-wide Association Study of Body Weight and Size Traits for Lion-head Geese
摘要旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析.本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多样性指标,利用单标记回归混合模型开展SNPs与体重体尺性状的关联分析.本试验采用Bonferroni法校正,即全基因组水平阈值(0.05/总SNPs)和染色体水平阈值(0.05/染色体SNP数目),确定显著性SNPs位点,并对染色体水平显著性SNPs位点上、下游50 kb进行基因注释.经过质控,共计获得7 577 552个有效SNPs用于进一步分析.群体多样性分析显示,历史有效群体含量、最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度、期望杂合度和近交系数分别为234、0.25、0.34、0.26、0.34和0.22.共检测出6 164个连续纯合片段,长度在1.0～2.0 Mb的纯合片段占比最多(74.4％).体重体尺性状的全基因组关联分析发现38个染色体水平显著性SNPs,涉及90个基因.其中影响生长发育相关的基因有7个,即D2HDH、THAP4、ESPNL、EPT1、TNPO3、MCF2L、AIP1.本研究利用二代基因组测序数据发现,狮头鹅群体存在一定程度近交现象,挖掘出与狮头鹅体重和体尺性状相关的7个候选基因,可为后续狮头鹅群体保种、功能基因研究和分子育种开展提供重要参考.
更多相关知识
关键词
狮头鹅群体多样性体重体尺性状全基因组关联分析Lion-head goosepopulation genetic diversitybody weight and size traitsgenome-wide association study
分类号
S835.2
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2024.09.016
发布时间
2024-11-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
广东省地方特色物种狮头鹅育种联合攻关项目（2023-XDY-00-001）
广东省现代农业水禽产业技术体系创新团队（2022KJ137）
- 浏览5
- 被引6
- 下载2
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
