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基于简化基因组测序(Super-GBS)的子午岭黑山羊保种群遗传结构评估

Evaluation of the Population Structure of the Ziwuling Black Goat Based on Super-GBS

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摘要旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据.本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检测.利用Plink软件计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、核苷酸多样性(Pi)、有效等位基因数(Ne)及次要等位基因频率(MAF)等6项遗传多样性指标;GCTA软件进行主成分分析及基因组亲缘关系G矩阵构建;Plink软件构建IBS遗传距离矩阵,R语言绘制热图;PHYLP构建系统发育树;detect RUNS工具检测ROH.结果表明,99只子午岭黑山羊个体共检测到996 042个SNPs.子午岭黑山羊群体的 PIC、Pi、Ne 及MAF 值分别是 0.161、0.193、1.295、0.130,且 Ho(0.167)低于 He(0.192),说明子午岭黑山羊群体遗传多样性较低.G矩阵和IBS遗传距离结果均表明子午岭黑山羊群体间大部分个体间亲缘关系较远.主成分分析结果揭示子午岭黑山羊群体内部不存在明显分化,系统发育树结果说明子午岭黑山羊群体公羊可大致分为6个家系,所有家系公羊数量较少.子午岭黑山羊群体的近交系数FROH为0.049 6,说明子午岭黑山羊群体内部近交程度相对较低.综上所述,子午岭黑山羊群体遗传多样性较低,大部分个体间亲缘关系较远,群体内近交程度较低,后期应注意后代的选育,避免血统流失.

作者苟想珍 ^[1] 杨军祥 ^[1] 赵子惠 ^[1] 冯玲霞 ^[1] 陈万辉 ^[1] 李玉洁 ^[2] 张忠钰 ^[2] 马克岩 ^[3] 蒋东平 ^[4] 常嵘 ^[5] 文亚洲 ^[6] 王珂 ^[1] 马友记 ^[3] 学术成果认领

作者单位甘肃省畜牧兽医研究所/农业农村部畜禽资源(羊)评价利用重点实验室,平凉 744000 ^[1] 华池县畜牧兽医站,庆阳 745000 ^[2] 甘肃农业大学动物科学技术学院,兰州 730070 ^[3] 白银市平川区畜牧兽医技术服务中心,白银 730900 ^[4] 张掖市甘州区动物卫生监督所,张掖 734000 ^[5] 甘肃省绵羊繁育技术推广站,张掖 734000 ^[6]

关键词子午岭黑山羊简化基因组测序群体结构遗传多样性家系结构亲缘关系 Ziwuling black goat Super-GBS population structure genetic diversity family structure kinship

分类号 S827.2

栏目名称

遗传育种

DOI 10.11843/j.issn.0366-6964.2024.10.009

发布时间 2024-11-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

基金项目

甘肃省自然基金重点项目（22JR5RA759）甘肃省重点人才项目（2023RCXM67）