基于50K SNP芯片评估广东省四类地方猪保种群体的遗传结构

Evaluation of the Genetic Structure of Conservation Populations of Four Major Local Pig Breeds in Guangdong Province Based on a 50K SNP Chip

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摘要旨在揭示广东省4类重点保护地方猪种的保种情况,评估其保种群体的遗传结构信息,辅助保护和利用地方猪种质资源.本研究采用2023年采集自6个保种场的广东省4类地方猪共488头(新丰板岭大花白猪92头、新丰板岭蓝塘猪34头、紫金东瑞蓝塘猪68头、乐家庄小耳花猪77头、壹号食品小耳花猪109头、北礤粤东黑猪108头).使用50K SNP芯片对比了包括欧洲野猪、瘦肉型猪、其他华南地方猪以及其他中国地方猪在内的41个地方猪品种,共2 144头.质控后保留20 590个SNPs位点.对广东4类地方猪种保种群体进行遗传多样性、血缘纯度、亲缘关系以及家系结构分析.结果显示:新丰板岭大花白猪的近交系数(F值)为0.409,观测杂合度(Ho)为0.181,期望杂合度(He)为0.172,连续纯和片段(ROH)长度为475.81 Mb,连锁不平衡(LD)长度为467.88 kb,平均FROH值为0.212,保种场内分为5个家系;新丰板岭蓝塘猪的F值为0.316,Ho为0.210,He为0.189,ROH长度为441.76 Mb,LD长度为475.78 kb,FROH值为0.201,分为4个家系;紫金东瑞蓝塘猪的F值为0.239,Ho为0.233,He为0.218,ROH长度为224.13 Mb,LD长度为463.53 kb,FROH值为0.100,分为5个家系;乐家庄小耳花猪的 F 值为 0.319,Ho 为 0.208,He 为 0.221,ROH 长度为 262.62 Mb,LD 长度为 460.88 kb,FROH 值为0.117,分为7个家系;壹号小耳花猪的F值为0.435,Ho为0.173,He为0.171,ROH长度为113.41 Mb,LD长度为418.59 kb,FROH值为0.051,分为6个家系;北礤粤东黑猪的F值为-0.028,Ho为0.314,He为0.300,ROH长度为247.47 Mb,LD长度为467.88 kb,FROH值为0.110,分为5个家系.对各保种群体血缘组成进行分析,除粤东黑猪群体血缘仍大量受瘦肉型猪血缘影响,平均中国猪血缘比例为69.37％,其他4个群体均受瘦肉型群体血缘影响较小,血缘较纯,平均中国猪血缘比例大于90％,保种情况较好.综上,广东省各地方猪保种场后期应加强对地方猪的扩繁和选育工作,在保持血缘纯度稳定的情况下,降低近交程度.

作者程昕琰 ^[1] 王诗媛 ^[1] 吉叶标 ^[1] 黄思秀 ^[1] 杨杰 ^[1] 孟繁明 ^[2] 张茂 ^[3] 蔡更元 ^[1] 刘琅青 ^[1] 学术成果认领

作者单位华南农业大学动物科学学院,国家生猪种业工程技术研究中心,广州 510642 ^[1] 广东省农业科学院动物科学研究所,猪禽种业全国重点实验室,广东省畜禽育种与营养研究重点实验室,广州 510640;清远龙发种猪有限公司,广东省生猪育种工程技术研究中心,英德 513057 ^[2] 韶关学院生物与农业学院,韶关 512000 ^[3]

关键词华南地方猪 SNP芯片保种遗传多样性群体遗传结构 South China local pigs SNP chip conservation population genetic diversity popu-lation genetic structure

分类号 S828.2

栏目名称 遗传育种

DOI 10.11843/j.issn.0366-6964.2024.12.013

发布时间 2025-01-13

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