不同芯片密度对华西牛重要经济性状基因组评估准确性的影响

Comparison of Prediction Accuracy of Genomic Selection for Economically Important Traits in Huaxi Cattle Based on Different Chip Densities

二维码有效期 120s

摘要旨在基于Illumina BovineHD 770K与Cattle 110K芯片在华西牛中的实际应用情况,系统比较在不同标记密度下基因组选择预测准确性的差异,探索两款芯片在华西牛遗传评估中结合使用方法.本试验以课题组前期构建的华西牛基因组选择参考群体为研究对象,利用重测序数据将3 948头华西牛770K芯片填充至790K后,分别取90K(两款芯片交集)、110K、770K、790K(两款芯片并集)4种标记密度,对华西牛遗传评估所涉及的5个性状(断奶重、育肥期平均日增重、产犊难易度、胴体重、屠宰率)进行遗传力估计,并通过GBLUP模型利用五折交叉验证对基因组评估准确性进行比较,筛选并确定华西牛遗传评估中最适标记密度.结果显示:1)4种标记密度下,估计的华西牛5个性状遗传力差异不显著,断奶重和平均日增重的遗传力为0.47～0.50,属于高遗传力;胴体重为0.37～0.39,属于中等遗传力;产犊难易度和屠宰率性状为0.14～0.21,属于中低遗传力.2)在GBLUP评估模型中,Cattle 110K在各个性状上的预测准确性均表现良好,并较Illumina BovineHD 770K芯片有显著提升(P＜0.05),其中胴体重、产犊难易度和屠宰率3个性状提升较为明显,分别提升了 14.9％、13.8％和8.4％;断奶重和育肥期平均日增重分别提升2.8％和4.5％.3)各性状预测准确性随着遗传力的升高而增加,不同标记密度的回归系数分别为0.439 2(90K)、0.374 1(110K)、0.413 6(770K)、0.459 3(790K).因此,在华西牛实际遗传评估中,可直接使用Cattle 110K芯片进行评估,在获得较好评估准确性的同时降低成本.