换一批基于全基因组重测序分析西门塔尔牛遗传多样性与群体结构
Analysis of Genetic Diversity and Population Structure of Simmental Cattle Based on Whole Genome Resequencing
摘要旨在对西门塔尔牛群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为配种方案和遗传改良提供理论依据.本研究对149头西门塔尔牛的全基因组进行了重测序,并利用这些基因组数据获取的高质量单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,对其遗传结构、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及其亲缘关系和家系构建等方面进行了深入的分析.结果显示,149头西门塔尔牛平均测序深度为5×,质控后共鉴定到1 265 356个SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.067,平均多态信息含量为0.083,平均观察杂合度为0.121,平均期望杂合度为0.157.亲缘关系G矩阵与状态同源(identical by state,IBS)遗传距离矩阵具有相似的结果,大部分个体间的亲缘关系呈中等水平.在149头西门塔尔牛个体中,共检测到70个基因组ROH,且ROH总长度为127 627.935 kb,其中有98.57％的ROH是长度介于在1～5 Mb之间.基于ROH计算得到的近交系数为0.000 3,提示近亲繁殖程度不高.此外,进化树分析将这149头西门塔尔牛划分成为22个不同的家系分支.综上所述,西门塔尔牛群体表现出相对丰富的多样性和适度的亲缘关系.在少数个体中观察到近亲繁殖,但种群的整体近亲繁殖水平仍然很低.
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关键词
西门塔尔牛低密度全基因组重测序群体遗传结构遗传多样性亲缘关系Simmental cattlelow-density whole genome resequencingpopulation genetic structuregenetic diversitykinship
分类号
S823.2
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2025.03.020
发布时间
2025-05-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
:泰山产业领军人才工程专项
烟台市科技计划项目（2023ZDCX024）
现代农业(肉牛牦牛)产业技术体系(CARS-37)（CARS-37）
山东省现代农业产业技术体系牛产业创新团队（SDAIT-09-03）
山东省农业科学院创新工程（CXGC2024F10）
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