换一批基于RNA-Seq对猪心组织新转录本解析及可变剪接和SNP分析
Analysis of Novel Transcripts,Alternative Splicing,and SNP in Porcine Heart Tissue Based on RNA-Seq Technology
摘要为完善和优化猪基因组注释信息,本研究利用RNA-Seq测序技术,开展猪心肌组织的新转录本预测、可变剪接事件和SNP变异位点分析.本研究以藏猪(抗逆性强)和长白猪为研究对象,选取6月龄健康去势公猪各3头,采集其心肌组织样本,进行建库与测序.通过数据分析,挖掘新转录本和新基因,进一步分析可变剪接事件和SNP变异,对新基因和差异可变剪接进行富集分析.结果显示,共发现930个新基因,5 993个新转录本,富集分析显示,病毒粒子组装和病毒生命周期等条目,NF-κB信号通路和Hedgehog信号等通路被显著富集.外显子跳跃(SE)占可变剪接类型的比例最高,筛选了 159个显著的差异剪接基因,主要富集在收缩纤维、AMPK通路和昼夜节律等通路中.藏猪的变异位点均大于长白猪,同义突变数量共有311 117个位点;外显子和3'端非翻译区分别有418 136和356 478个变异位点.在极端环境下,藏猪心肌组织可能通过NF-κB和AMPK信号通路进行免疫调节,参与细胞的代谢及凋亡,改善心肌损伤,抑制高寒低氧应激.
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分类号
S828.8+9
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2025.04.016
发布时间
2025-05-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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