摘要旨在对湖羊SNP芯片基因分型结果进行选择信号检测,探索湖羊的种群结构,挖掘与湖羊重要经济性状相关的候选基因,为进一步创新利用湖羊品种提供理论基础.本研究对高繁殖湖羊群体中396只个体(320只母羊、76只公羊)使用绵羊50K SNP芯片进行基因分型.经质控后对所选湖羊群体进行主成分分析与亲缘关系评估.通过整合单倍体型得分(iHS)、中性检验统计量(Tajima's D)、复合似然比检验(CLR)和连续性纯合片段(ROH)四种选择信号方法综合筛选候选区域并进行基因注释,通过GO-KEGG富集分析、NCBI数据库、检索文献及GWAS ATLAS数据库确定候选基因的功能.主成分分析结果显示,大部分湖羊个体集中分布,亲缘关系结果表明湖羊个体间亲缘关系较远,湖羊群体平均近交指数FROH=0.010 3,表明湖羊种群近交水平较低,同时ROH分析结果显示绝大多数ROH片段为＜10 Mb的短ROH片段,说明湖羊在较远世代发生过近交.设置群体内iHS、Tajima's D、CLR以及ROH结果的top5％为受选择区域,共找到45.86 Mb的候选区域,约占绵羊参考基因组的1.75％.经基因注释后iHS检测到1 424个基因,Tajima's D检测到760个基因,CLR检测到964个基因,ROH检测到647个基因,取两种及以上方法得到的基因交集部分挖掘到337个候选基因.GO-KEGG富集结果显示,GO分析富集(P＜0.05)到角质化、中间长丝组织和骨骼系统发育等条目,KEGG分析富集(P＜0.05)到ECM受体相互作用、致心律失常性右心室心肌病与GnRH分泌等通路.功能注释发现65个与重要经济性状相关的候选基因,其中大部分候选基因与生长和繁殖性状相关.本试验对湖羊高繁单群体进行分析,筛选出与湖羊生长性状相关的基因包括:初生重(CAPN3、ERLEC1、LAP3)、骨骼发育(ACAN、COL5A2、HAPLN1、HAPLN3)、肌肉发育(FLVCR1、MUSTN1、PDLIM5)、饲料转化率与采食量(PLIN1、CCSER1、LAP3)和体尺(CSMD3、GPC6、LCORL)等,与湖羊繁殖性状相关的基因包括产羔数(BMPR1B、GPRIN3、HCRTR1、MEPE、MAST4)等,以及与其他经济性状相关的基因,对提升湖羊品种选育效率,优化绵羊品种选育方法提供了一定的理论依据和技术支撑.