东乡绿壳蛋鸡与白来航鸡资源群体开产体重、开产日龄性状遗传解析
Genetic Dissection on Body Weight and Age at the first Egg in Resource Population between White Leghorn and Dongxiang Blue Shelled Chickens
摘要针对蛋鸡开产性状进行遗传评估,旨在解析开产体重、开产日龄遗传结构.表型数据源自东乡绿壳蛋鸡-白来航鸡F2分离群体.以600K基因芯片对1 534只F2代试验鸡进行基因型分型.SNPs数据经质量控制后,进行基因型数据填充.以一步法全基因组关联分析获得开产性状关联的遗传标记.对显著性位点进行基因注释以及GO富集分析,进一步理解这些候选基因的生物学含义.鸡开产体重属于高遗传力性状,遗传力在0.62~0.65之间;开产日龄属于中等偏高遗传力性状,遗传力在0.35与0.42之间;开产体重与开产日龄遗传相关系数为0.24~0.37.鸡 1 号染色体 5-羟色胺受体 2A(5-hydroxytryptamine receptor 2A,HTR2A)、钙结合蛋白样 39(cal-cium binding protein 39 like,CAB39L)附近存在与开产体重显著关联的QTL,另有343个支持位点超过基因组显著水平,显著性SNPs分别解释11.74%、9.34%开产体重表型方差;4号染色体筛选到开产体重QTL,候选基因为非 SMC 凝聚素 Ⅰ 型复合物 G 亚基(non-SMC condensin Ⅰ complex subunit G,NCAPG),可解释 5.68%表型方差,附近有89个SNPs超过基因组显著水平阈值;鸡9号染色体G蛋白偶联受体149(G protein-coupled receptor 149,GPR 149)附近存在开产体重QTL,可解释1.33%的表型方差.开产日龄QTL位于5号染色体石蛋白2(stonin 2,STON2)基因附近以及9号染色体 Mg2+/Mn2+依赖性蛋白磷酸酶样1(protein phosphatase,Mg2+/Mn2+dependent 1L,PPM1L)附近,分别解释1.80%、1.22%表型方差.应用一步法GWAS,在鸡9号染色体物理位置22 Mb附近新发现与开产体重、开产日龄关联的遗传座位,还在5号染色体物理位置40 Mb附近新发现一个开产日龄关联的遗传座位.GO富集分析进一步表明,开产体重表型变异与性腺发育相关,开产日龄表型变异与钙离子转运相关.
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