摘要旨在对自主研发奶牛13K和40K液相基因组SNP芯片的检出率、基因型检测一致性、填充准确性及基因组遗传评估准确性进行验证.本研究对203头验证群体进行13K、40K及已有商业化126K、150K芯片基因型检测并比较分析检出率与基因型一致性.基于中国荷斯坦牛基因组选择参考群体,采用Beagle软件将4款芯片的基因型数据分别填充至50K密度水平并采用GBLUP方法对验证群体的9个性状进行基因组遗传评估,比较其填充准确性及9个性状的基因组遗传评估准确性.结果表明,验证群体的13K和40K芯片检出率分别为97.70%和97.20%,126K和150K芯片检出率分别为99.30%和98.27%,13K和40K芯片与126K和150K芯片的共有位点数分别为11 331、11 125与42 504、40 881,共有位点基因型一致性分别为96.23%、96.50%与97.18%、97.43%;13K芯片填充准确性(MAF>0.01)为95.90%,略低于高密度商业化芯片,但高于国际通用Illumina 7K低密度芯片(填充准确性为94.30%),40K芯片填充准确性(MAF>0.01)为99.07%,与126K(填充准确性为99.23%)和150K芯片(填充准确性为99.05%)基本一致;13K、40K、126K和150K芯片对验证群体产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳脂量、乳蛋白量、泌乳系统评分、体型总分、体细胞评分、肢蹄评分等9个性状基因组遗传评估准确性分别为0.619 0～0.735 2、0.642 0～0.758 7、0.620 8～0.742 8和0.633 4～0.751 4,无显著差异.研究结果表明,自主研发13K和40K液相芯片性能较好,可以用于荷斯坦奶牛早期遗传评估和优秀牛只选择.