换一批一株牛源福氏志贺菌的分离鉴定及全基因组测序分析
Isolation,Identification and Whole Genome Sequencing Analysis of a Bovine-derived Shigella flexneri Strain
摘要近年来,牛易患腹泻病在牛场中进行传播,并有着较高的致死率,造成经济损失.本试验旨在对引起北京某牛场牛腹泻的福氏志贺菌进行分离鉴定,明确病原菌的血清型、耐药性和致病性等生物学特性及基因组特征.本研究采集腹泻牛粪便样本,进行细菌分离纯化、16S rRNA扩增子测序分析、毒力基因检测和分离株全基因组测序.结果显示,经细菌分离纯化、PCR鉴定发现一株福氏志贺菌Fc;基因组测序获得福氏志贺菌株Fc株全基因组大小为 4.98 Mp,GC含量为 50.76%;含有 91个tRNA基因,7个 23S rRNA,7个 16S rRNA,8个 5S rRNA,283个misc_RNA,97个碳水化合物活性酶基因;TVBD注释分析发现1 363个转运蛋白基因;CARD注释分析发现80个抗性基因;VFDB和PHI-base注释分析发现1 410个潜在的毒力因子相关基因及2 052个表型突变基因等.系统进化树分析发现福氏志贺菌与福氏志贺菌29903属于同一分支,进化关系最近.本研究完成了一株牛源福氏志贺菌的分离鉴定和全基因组测序分析,为志贺氏菌病的防控研究提供了理论依据.
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