牛胎盘DLK1-DIO3区域的印记及甲基化状态研究
Analysis of Imprinting and DNA Methylation Status of DLK1-DIO3 Domain in Bovine Placenta
摘要旨在研究牛DLK1-DIO3区域的印记状态和DNA差异甲基化区(differentially methylated regions,DMRs).对 3 个牛的胎盘、及其亲本进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),挖掘单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)信息;联合转录组测序(RNA-sequencing,RNA-seq)数据,确定基因的印记状态;联合全基因组亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)数据,确定DNA的差异甲基化区.WGS与RNA-seq测序结果联合分析表明,牛MEG3、MEG8和MEG9基因为母源等位基因表达的印记基因,DLK1、RTL1和DIO3 基因为父源等位基因表达的印记基因.WGBS数据分析发现,除与人和小鼠保守的Dlk1-DMR、IG-DMR、Gtl2-DMR和Meg8-DMR外,还发现 5个新的DMRs,分别为位于DLK1基因上游的DLK1-DMR0和DLK1-DMR1、MEG9启动子区域的MEG9-DMR及DIO3上游的DIO3-DMR1和DIO3-DMR2.上述结果表明,DLK1-DIO3印记区域的印记状态和差异甲基化区在牛、人和小鼠中高度保守,此外,新发现了 5个DMRs,其对DLK1-DIO3区域的调控机制有待于进一步研究.
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