换一批基于宏转录组测序技术对一起欧洲型和美洲型PRRSV混合感染事件的鉴定和分析
Application and Analysis of Metatranscriptomic Sequencing Technology in the Identification of a Co-infection Event Involving European and American Genotypes of PRRSV
摘要旨在探究宏转录组测序技术在猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)混合感染诊断中的应用价值.采集广西壮族自治区某猪场1份PRRSV阳性血清样品,通过宏转录组测序技术获得病毒全基因组序列,并进一步进行遗传进化与重组分析.结果显示,通过该方法成功获取欧洲型PRRSV1-GXHZ-202408毒株和美洲型PRRSV2-GXHZ-202408毒株的全基因组,长度分别为15 076 bp和14 989 bp.进化分析表明,PRRSV1-GXHZ-202408与欧洲型毒株SC-2020-1(MW115431)位于同一个新亚群分支,两者的核苷酸相似度为 90.45％.PRRSV2-GXHZ-202408属于NADC30-like(美洲型毒株,谱系1.8),与该谱系代表毒株NADC30(MH500776)的相似度为88.63％.重组分析发现,PRRSV1-GXHZ-202408毒株可能是以SC-2020-1毒株为病毒骨架与LV4.2.1毒株(AY588319)和HKEU16毒株(EU076704)重组而成,重组区间分别为 650～2 050 nt(NSP1-NSP2)和 14 131～14 570 nt(ORF6);PRRSV2-GXHZ-202408则以NADC30(MH500776)为主要亲本毒株,以JXA1(EF112445)为次要亲本毒株,其区间为5 331-8 081 nt(NSP3-NSP9).本研究运用宏转录组测序技术不仅明确鉴定出猪场美洲型和欧洲型PRRSV混合感染,还获取了毒株的全基因组并精准解析流行毒株的遗传特征,清晰地还原了该猪场PRRS的流行情况,证实宏转录组测序技术为PRRS的精准防控提供了强有力工具.
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关键词
猪繁殖与呼吸综合征病毒混合感染宏转录组测序技术基因组特征porcine reproductive and respiratory syndrome virusco-infectionmetatranscriptomic sequencinggenomic characterization
分类号
S852.65
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2026.03.040
发布时间
2026-04-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
华南农业大学高校学科建设专项（2023B10564003）
广东省现代农业产业技术体系创新团队（2024CXTD22）
广东省现代农业产业共性关键技术研发创新团队建设项目（2024CXTD15）
广东省普通高校青年创新人才项目（2017KQNCX012）
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