基于生物信息学分析TK1在HCC中的表达及其临床意义

Analysis on expression of TK1 in HCC and its clinical significance based on bioinformatics

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摘要目的基于肿瘤数据库,挖掘分析胸苷激酶1(TK1)基因在肝细胞癌(HCC)表达情况,并结合生物信息学方法,探讨TK1参与HCC的潜在机制.方法 GEPIA分析HCC基因芯片数据中TK1及核心基因mRNA表达.利用Kaplan-Meier plotter分析HCC组织中TK1及核心基因mRNA表达与患者预后的关系.利用LinkedOmics和cBioPortal分析并获得HCC中与TK1相关的共表达基因集.利用WebGestalt对基因集作GO和KEGG通路富集分析.利用String数据库构建基因集蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape筛选PPI中的核心基因.结果 TK1 mRNA在HCC组织表达显著高于癌旁组织(P＜0.01),TK1高表达可显著降低患者总生存时间(P＜0.01).LinkedOmics和cBioPortal分析各得到TK1共表达基因248个和245个,利用VENNY2.1获得交集基因212个.GO分析显示,生物学过程方面TK1共表达基因主要与细胞周期、DNA修复、DNA代谢等相关,细胞组成方面主要与染色体凝缩等相关,分子功能方面主要与DNA的催化活性、核苷-三磷酸酶活性等相关.KEGG通路分析显示,TK1共表达基因主要参与DNA复制、细胞周期、错配修复、同源重组、P53信号途径、细胞衰老等过程.PPI分析显示,CDK1等10个基因是TK1共表达相关核心基因,经验证核心基因均在HCC中高表达,并且高表达核心基因的患者生存时间显著下降.结论生物信息学分析可获得TK1在HCC中表达情况,为探索TK1参与肝细胞癌的机制提供数据支持.