换一批摘要为探究葫芦茶叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,利用Illumina NovaSeq 6000 平台进行建库测序,组装、注释获得了葫芦茶叶绿体的全基因组,并利用Codon W、CUSP、OriginPro等工具对筛选到的 52 条蛋白编码序列进行密码子偏好性分析.结果表明:葫芦茶叶绿体基因组密码子GC平均含量为GC1(45.64%)＞GC2(38.17%)＞GC3(25.56%),编码氨基酸的同义密码子中T3S和 A3S的含量明显高于 C3S和 G3S;ENC值为 38.43～55.04,平均值为 45.64;CAI值为0.1～0.18,平均值为 0.16;说明其密码子偏好性弱.相关性、中性绘图、ENC?plot以及PR2?plot分析表明,突变和选择共同影响葫芦茶叶绿体基因组密码子的使用偏好性.通过RSCU值和ENC值筛选出CUU、AUU、AUA、GUU、GAU、UCA、GGA共 7 个密码子,为葫芦茶叶绿体基因组的最优密码子,均偏向以A/U结尾.
更多相关知识
分类号
R282.71（中药学）
栏目名称
DOI
10.11929/j.swfu.202403030
发布时间
2025-03-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（31800170）
云南省教育厅科学研究基金项目（2022Y585）
- 浏览0
- 被引3
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
