换一批基于SwissPdbViewer和MATLAB对人类SOX蛋白三级结构建模及分析
Modeling and Analysis Tertiary Structure of Human SOX Protein Based on SwissPdbViewer and MATLAB
摘要SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结合域.利用MATLAB的Sequence Analysis工具从Genbank 中下载人类SOX蛋白序列信息,二次筛选获得22个有效的序列数据.以三级结构已知的SOX2、SRY、SOX5为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构.结果显示SOX蛋白HMG-box的三级结构极为相似,由3个α螺旋和2个热力学结构不稳定的loop区构成;表面静电分析显示SOX蛋白C端有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔.SOX蛋白的上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关.
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MATLABSwissPdbViewer同源建模三级结构预测SOX蛋白MATLABSwissPdbViewerhomology modelingtertiary structure predictionSOX protein
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TP208.6
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2008-10-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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