换一批糖尿病肾脏病microRNA-mRNA-信号通路调控网络构建与生物学靶点的筛选分析
Construction of microRNA-mRNA-signaling Pathway Regulatory Net-work and Screening Analysis of Biological Targets in Diabetic Kidney Dis-ease
摘要目的 应用生物信息学技术构建并分析糖尿病肾脏病(diabetic kidney disease,DKD)的microRNA-mRNA-信号通路调控网络,并寻找与疾病相关的生物学靶点.方法 下载基因芯片数据集GSE30528与GSE51674,筛选DKD的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)与差异表达microRNA(differen-tially expressed microRNA,DEMs),利用DAVID、STRING在线平台、及Cytoscape对筛选所得的DEGs进行注释及富集分析、可视化及蛋白质-蛋白质相互作用网络分析.使用DIANA Tools预测DEMs的靶基因,并结合Draw Venn获得DEGs与DEMs靶基因的交集基因,最后运用Cytoscape软件绘制microRNA-mRNA-信号调节网络,筛选关键的生物学靶点.结果 从数据集 GSE30528筛选出704个DEGs.从数据集 GSE51674筛选出上调的16个DEMs预测靶基因4 431个,下调的7个DEMs预测靶基因2 617个.DEMs靶基因与DEGs获得交集基因36个,运用Cytoscape绘制microRNA-mRNA-信号调节网络,其中FN1、VCAN是关键基因,富集于黏着斑信号通路,且与hsa-let-7b-5p关联密切.结论 通过构建microRNA-mRNA-信号通路调控网络展示DKD基因表达模式及其相互作用,本研究发现hsa-let-7b-5p调控的靶基因FN1、VCAN,及其富集的黏着斑信号通路可能在DKD发生发展的具有重要作用,值得进一步关注与研究.
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分类号
R4（临床医学）
栏目名称
DOI
10.19368/j.cnki.2096-1782.2025.09.033
发布时间
2025-06-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
东莞市科学技术局基金（20231800940502）
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