紧密连接蛋白claudin-14基因5'调控区序列的生物信息学分析

Bioinformatics analysis of 5' regulatory region sequence properties of claudin-14 gene of tight junction protein

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摘要目的研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列；利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box；利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-14基因5 '调控区序列中启动子；利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-14基因5 '调控区序列中CpG岛位置；利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-14基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果 Claudin-14基因5 '调控区序列中存在1个CAAT-box、1个TATA-box和1个GC-box；claudin-14基因可能存在5个启动子位点；CpG岛位于62 bp区间(229 ～ 290 bp)、99 bp区间(417 ～ 515 bp)、76 bp区间(523～ 598 bp)、89 bp区间(836 ～924 bp)、69 bp区间(1 216～1 284bp)和194 bp区间(1235～1428bp).评分在85分以上时,该区域有432个潜在的转录因子结合位点；评分在90分以上时,该区域有156个潜在的转录因子结合位点；评分在95分以上时,该区域有66个潜在的转录因子结合位点；评分在100分时,该区域有24个潜在的转录因子结合位点.结论 Claudin-14基因可能存在不同的转录起始位点；claudin-14基因的转录受DNA甲基化和多种转录因子的调控.