基于TCGA-BLCA蛋白组学数据的膀胱癌预后标志物鉴定与验证
Identification and Validation of Prognostic Markers for Bladder Cancer Based on TCGA-BLCA Proteomics Data
摘要目的:基于癌症基因组图谱-膀胱尿路上皮癌(TCGA-BLCA)蛋白组学数据筛选并验证膀胱癌预后相关蛋白标志物,构建预后预测模型.方法:从UCSC Xena数据库获取TCGA-BLCA队列蛋白组表达数据和临床信息,纳入349例膀胱癌患者.采用单因素Cox回归筛选生存相关蛋白,运用Lasso回归进行特征选择,通过多因素Cox回归构建预后模型.采用Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征曲线(ROC)评估模型性能.运用GSVA分析通路差异,采用oncoPredict预测化疗药物的敏感性.结果:筛选出33个生存相关蛋白,最终确定Rad51-M-E、Src-M-V和Annexin-1-M-E为独立预后预测因子.基于三个蛋白的风险模型能有效区分高风险与低风险患者(P<0.001),具有良好的预测性能.氧化应激通路在高风险患者与低风险患者之间差异显著.预后蛋白与多种化疗药物敏感性显著相关.结论:基于TCGA-BLCA蛋白组学数据,成功建立了基于Rad51-M-E、Src-M-V和Annexin-1-M-E的膀胱癌预后预测模型,且模型对膀胱癌预后具有良好的预测性能.
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