换一批
换一批植物病原细菌Pseudomonas syringae pv.tomato基因组中的信号肽分析
Analysis of the Coding Region for Signal Peptide-Containing Proteins in Pseudomonas syringae pv. tomato Genome
摘要应用SignaIP 3.0对植物病原细菌Pseudomonas syringae pv.tomato DC3000菌株基因组中的细菌染色体全部5 615个ORFs进行了分析,确定其中679个ORFs所编码蛋白质的N-端有信号肽序列,其中已经命名并有注释的有107个ORFs.信号肽的长度以19～31个氨基酸居多,其中最多的是23个氨基酸的信号肽.具有信号肽的ORFs编码蛋白的长度大多为101～400个氨基酸之间.同时,对组成信号肽的氨基酸种类作了系统的分析,发现组成信号肽的氨基酸中非极性氨基酸占48.54%,极性氨基酸占18.67%,带负电荷氨基酸占24.54%,带正电荷氨基酸仅占8.00%,出现最多的3种氨基酸依次为亮氨酸、丙氨酸和丝氨酸,最少的氨基酸是异亮氨酸,在切割位点-1端的氨基酸中83.21%均为丙氨酸,在切割位点后3位的氨基酸中最多的氨基酸也是丙氨酸.通过分析确定628个分泌类信号肽,36个信号肽具有RR-motif的保守区段,15个脂蛋白类信号肽,未发现Prepiln-like信号肽和Bacteriocin and Pheromone信号肽.
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栏目名称
研究报告
DOI
10.3321/j.issn:0253-9772.2005.06.019
发布时间
2006-01-05
基金项目
中国科学院资助项目
云南省自然科学基金
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